Chaque partie du tractus gastro-intestinal a sa propre microbiote spécifique, adaptée à l’environnement local (pH et teneur en oxygène).

C’est ainsi que dans l’estomac, le pH est plus faible et dans l’intestin grêle, la teneur en oxygène est plus élevée que dans le côlon. L’estomac est relativement peu peuplé avec 10³ UFC/ml.

Dans l’intestin grêle, le nombre de bactéries, d’environ 10⁴ UFC/ml, est limité par:

• la rapidité du transit,
• l’acidité gastrique,
• les sels biliaires.

Au niveau de l’iléon, le mouvement du contenu intestinal ralentit, tandis que la population microbienne passe à 10⁶ UFC/ml.

Dans le côlon, les micro-organismes constituent une microbiote extrêmement complexe et diverse. La population y est très dense: 10¹⁰ à 10¹² UFC/ml [1] .